医薬品・医療機器製造業の省力化補助金｜対象設備・補助額2026
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この記事は、医薬品を製造する工場（GMP省令の対象事業者）と、医療機器を製造する工場（QMS省令の対象事業者）向けに、中小企業省力化投資補助金の使い方を整理したものです。 病院・クリニックの方はこちら 受付機・精算機・電子カルテなど「医療機関」の省力化投資については、本記事とは対象読者が異なります。
医薬品製造・医療機器製造の省力化補助金 2026年版
この記事は、医薬品を製造する工場（GMP省令 の対象事業者）と、医療機器を製造する工場（QMS省令 の対象事業者）向けに、中小企業省力化投資補助金の使い方を整理したものです。
受付機・精算機・電子カルテなど「医療機関」の省力化投資については、本記事とは対象読者が異なります。医療・クリニックの省力化投資補助金ガイド をご覧ください。本記事は医薬品・医療機器を製造する 工場が対象です。
結論としては、医薬品製造業・医療機器製造業であることを理由に対象外になる制度ではありません。中小企業省力化投資補助金にはカタログ注文型 （製品カタログから選んで先着順に申請）と一般型 （個別設計の設備を審査つきで申請）の2種類があり、どちらも業種を限定していません。品質検査・搬送・包装工程の省力化に使える汎用カテゴリはカタログに存在しますが、PTP包装機や打錠機のような医薬品専用の設備カテゴリは2026年9月10日時点で確認できませんでした。本記事では公式ポータル・公募要領・PMDA公式ページで確認できた範囲の数値だけを掲載します。
中小企業省力化投資補助金の仕組み（カタログ注文型・一般型）
制度全体の詳しい成り立ちや2026年3月の改定経緯は中小企業省力化投資補助金の公式サイト・最新情報まとめ で解説しているので、ここでは医薬品・医療機器製造業が押さえておくべき数値だけを整理します。
カタログ注文型と一般型の違い
2種類の違いを比較すると下表の通りです。両制度とも申請要件に業種の限定はなく、医薬品製造業・医療機器製造業も他の製造業と同じ基準で申請できます。より詳しい選び方はカタログ注文型 vs 一般型 徹底比較ガイド も参照してください。
項目 カタログ注文型 一般型
対象となる設備 製品カタログに登録済みの製品 個々の業務に応じて設計されたオーダーメイド設備 補助率 1/2以下（製品ごとの上限額の2倍を超える場合は1/2未満） 中小企業1/2（特例2/3）、小規模企業者・小規模事業者・再生事業者2/3 補助上限額（従業員規模別） 500万円〜1,500万円 750万円〜1億円 審査の有無 書面確認中心・先着順（応募・交付申請は随時受付） 外部有識者による審査委員会での評価あり 申請の形 販売事業者との共同申請が必須 申請者単独（交付申請時に相見積もりが必要） 事業実施期間 交付決定日から原則12か月以内 交付決定日から17か月以内（第8回公募要領）
出典：中小企業省力化投資補助金 公式ポータル「カタログ注文型とは」「一般型とは」、カタログ注文型・一般型それぞれの公募要領（2026年9月10日確認）。
一般型の公募スケジュール（2026年9月10日時点）
一般型は公募回ごとの受付です。カタログ注文型と異なり応募申請の締切があるため、設備投資の計画段階からスケジュールを確認しておく必要があります。
公募回 公募開始日 申請受付開始日 公募締切日 採択発表日
第5回 2025年12月19日 2026年2月2日 2026年2月27日17:00 2026年6月5日 第6回 2026年3月13日 2026年4月15日 2026年5月15日17:00 2026年8月28日 第7回 2026年6月5日 2026年7月1日 2026年7月31日17:00 2026年11月中旬（予定） 第8回 2026年8月18日 2026年9月中旬（予定） 2026年10月中旬（予定） 2027年2月上旬（予定）
公式ポータルの申請マイページで2026年9月12日（土）9:00〜14:30頃にGビズIDメンテナンス、2026年9月17日（木）10:00〜18:00頃にシステムメンテナンスが予定されています（2026年9月10日時点の公式情報）。申請直前は避けて準備してください。
出典：公式ポータル「スケジュール（一般型）」（2026年9月10日確認）。公募回は年3〜4回を予定、第9回は詳細確定次第更新と案内されています。
医薬品・医療機器製造業で対象になりやすい設備
製品カタログ（2026年8月28日時点の登録製品数を掲載するPDF版で確認）には、医薬品製造業・医療機器製造業を専用の対象業種として区分したカテゴリはありません。対象業種は「製造業」という括りで登録されており、その中から自社の工程に合うカテゴリを選ぶ形になります。
カタログで確認できる対象設備カテゴリ
医薬品・医療機器の製造工程（計測・検査・搬送・包装）に応用しやすいカテゴリを、公式カテゴリ名のまま掲載します。価格帯は各製品カテゴリページに記載の目安、登録製品数は2026年8月28日時点の値です。
公式カテゴリ名 分類 対象業種 価格目安 登録製品数
自動分析計測機器 計測・分析機器 製造業 200万円〜1,000万円 4件 AI外観検査用画像処理システム 精密測定・品質管理機器 製造業、卸売業 センサータイプ70万円〜、検査機タイプ200万円〜 0件 無人搬送車（AGV・AMR） 物流システム機器 製造業、倉庫業、卸売業、小売業 数百万円〜1,000万円程度 43件 検品・仕分システム 物流システム機器 倉庫業、卸売業、小売業、製造業 数百万円〜1,000万円程度 6件 感熱フィルム向けラベルレス印字装置 包装機器・包装関連機器 製造業、倉庫業 300万円〜 0件 シュリンクフィルム収縮装置 包装機器・包装関連機器 製造業、運輸業、倉庫業、卸売業、小売業 300万円〜600万円 1件
「AI外観検査用画像処理システム」「感熱フィルム向けラベルレス印字装置」は製品カテゴリ自体はカタログに存在しますが、2026年8月28日時点の登録製品数はいずれも0件 です。カタログ注文型は実際に登録されている製品からしか選べないため、この2カテゴリは現時点で申請できる具体的な製品がありません。導入を検討する場合は公式ポータルの製品カタログ検索で最新の登録状況を必ず確認し、登録が無ければ一般型（オーダーメイド設備）での申請を検討してください。
このうち「自動分析計測機器」（登録4件）は、製品カテゴリの解説文で「製品の品質管理や、安全性確認、成分分析、医薬品の有効成分量の定量計測 などで活用される」「主に食品・製薬関連事業者など『データを正確に測る必要がある』事業者」と明記されており、医薬品製造業での活用が公式に想定されているカテゴリです。「感熱フィルム向けラベルレス印字装置」も解説文で「食品、医薬品 、物流、製造業など多様な業種」「医療・衛生分野など幅広い現場」と明記されていますが、上記の通り現時点の登録製品数は0件のため、実際に選べる製品が無い状態です。検査工程の詳しい費用比較は検品・検査AIの省力化投資補助金ガイド 、計量・包装機の詳しい費用比較は自動計量・包装機の省力化投資補助金ガイド にまとめています。カタログの検索方法自体はカタログ登録の仕組みと検索方法ガイド を参照してください。
出典：中小企業省力化投資補助金 製品カテゴリPDF（各カテゴリの登録製品数は2026年8月28日時点、2026年9月10日取得）。
PTP包装機・打錠機など医薬品専用設備の扱い
製品カタログPDF全文（新着追加履歴を含む）を確認しましたが、2026年9月10日時点でPTP包装機・打錠機・バイアル充填機・滅菌ラインなど医薬品製造に固有の設備を対象とした製品カテゴリは登録されていません。ボトルへのラベル位置合わせを行う「ボトルマーク合わせ装置」（対象業種：製造業）のような周辺工程のカテゴリはありますが、包装の主工程を代替する専用機は現時点でカタログの対象外です。
導入したい設備がカタログに掲載されていない場合、カタログ注文型では申請できません。次のセクションで説明する一般型（オーダーメイド設備）での申請を検討することになります。カタログの掲載製品は随時追加されるため、申請直前に公式ポータルの製品カタログ検索で最新の掲載状況を必ず確認してください。
一般型のオーダーメイド設備という選択肢
一般型の対象は、公募要領で「オーダーメイド設備 」と定義されています。クリーンルーム対応の搬送ロボットや、既存の充填・包装ラインに合わせて個別設計する検査装置などは、この定義に該当すれば一般型の対象になり得ます。ただし審査があり、労働生産性の年平均成長率+4.0%以上、給与支給総額の年平均成長率3.5%以上といった基本要件を満たす事業計画が必要です（詳細は次の「業種特有の要件」で解説）。
出典：中小企業省力化投資補助事業（一般型）公募要領（第8回公募、2026年8月更新）1-2.定義、2-1.補助額等。
導入費用と補助額のシミュレーション（モデルケース）
以下は公募要領の補助率・補助上限額を当てはめたモデルケースです。実際の採択・補助額を保証するものではなく、あくまで試算例として参考にしてください。
補助率・補助上限額（6〜20人）
1/2以下、750万円（賃上げ達成時1,000万円）
自己負担額（試算）：200万円。補助上限額の範囲内のため補助率どおり満額の試算になっています。
導入設備（例）
クリーンルーム対応搬送＋外観検査の個別設計ライン（オーダーメイド設備）
補助率・補助上限額（21〜50人）
中小企業1/2、3,000万円（特例4,000万円）
自己負担額（試算）：1,500万円。一般型は審査があり、労働生産性・賃上げの基本要件を満たす事業計画の提出が必要です。
補助対象経費・対象外経費
カタログ注文型の補助対象経費は「製品本体価格」と「導入経費」の2区分です。代表的な対象外経費は次の表の通りです。
経費区分 対象となるもの 対象外の代表例
製品本体価格 補助事業のために使用する機械装置、工具・器具、専用ソフトウェア・情報システム等の購入経費 中古品／交付決定前に購入した製品／対外的に無償提供されているもの／消費税等の公租公課 導入経費 省力化製品の設置作業・運搬費・動作確認費用・マスタ設定等の導入設定費用 交付決定前に発生した費用／試運転に伴う原材料費・光熱費／移動交通費・宿泊費／委託・外注費／補助金申請の代行費用
出典：公式ポータル「カタログ注文型とは」補助対象経費（2026年9月10日確認）。一般型は機械装置・システム構築費が必須経費で、技術導入費・専門家経費・運搬費・クラウドサービス利用費・外注費・知的財産権等関連経費も対象経費に含まれます（出典：公式ポータル「一般型とは」）。
業種特有の要件（GMP省令・QMS省令・中小企業の定義）
補助金の申請要件そのものにGMP省令・QMS省令への適合を求める記載は、公募要領・公式ポータルのいずれにも確認できません（2026年9月10日時点）。ただし医薬品・医療機器の製造は各省令に基づく製造管理・品質管理体制の維持が前提となるため、設備投資の計画段階で押さえておきたい制度の要点を整理します。
GMP省令とQMS省令の要点
PMDA（独立行政法人医薬品医療機器総合機構）は、医薬品・医薬部外品・医療機器・再生医療等製品を製造する製造所が適正な管理の下で製造しているかどうかを、GMP省令・QMS省令・GCTP省令に基づいて実地または書面で調査しています。
項目 GMP省令（医薬品等） QMS省令（医療機器等）
正式名称 医薬品及び医薬部外品の製造管理及び品質管理の基準に関する省令（平成16年厚生労働省令第179号） 医療機器及び体外診断用医薬品の製造管理及び品質管理の基準に関する省令（平成16年厚生労働省令第169号） PMDAが調査を行う主な範囲 新医薬品、生物学的製剤、国家検査医薬品、放射性医薬品、遺伝子組換え技術応用医薬品、細胞培養技術応用医薬品、細胞組織医薬品、特定生物由来医薬品を製造する国内製造所、および医薬品・医薬部外品の海外製造所 医療機器・体外診断用医薬品の製造販売業者・国内外の製造所等（第三者認証機関が実施する範囲を除く） PMDA以外の調査主体 都道府県（PMDAが実施する製造所以外の国内製造所） 厚生労働大臣が指定する第三者認証機関
出典：PMDA「GMP/QMS/GCTP適合性調査とは」、PMDA「GMP」、PMDA「QMS」、e-Gov法令検索（GMP省令・QMS省令）（いずれも2026年9月10日確認）。省令の逐条内容は必ず一次情報（e-Gov法令検索・PMDA）で確認してください。
中小企業者の定義（医薬品・医療機器製造業は「製造業」区分）
医薬品製造業・医療機器製造業は日本標準産業分類上「製造業」に区分されるため、中小企業省力化投資補助金の対象者要件では下表の「製造業、建設業、運輸業」の基準（資本金3億円以下または常勤従業員300人以下）が適用されます。この基準はカタログ注文型・一般型のどちらの公募要領でも共通です。
業種 資本金 常勤従業員数
製造業、建設業、運輸業 3億円以下 300人以下 卸売業 1億円以下 100人以下 サービス業（ソフトウェア業・情報処理サービス業・旅館業を除く） 5,000万円以下 100人以下 小売業 5,000万円以下 50人以下 その他の業種（上記以外） 3億円以下 300人以下
出典：中小企業省力化投資補助事業（カタログ注文型）公募要領2-3.補助対象者、（一般型）公募要領2-1.補助対象者（いずれも2026年9月10日確認）。
労働生産性・賃上げの目標水準
採択後は事業計画に基づく目標達成が求められます。カタログ注文型は補助事業終了後3年間、毎年、申請時と比較して労働生産性を年平均成長率（CAGR）3.0%以上向上させる事業計画が必要です。賃上げ特例（補助上限額の引き上げ）を受ける場合は、事業場内最低賃金を3.0%（日本銀行が定める「物価安定の目標」＋1.0%）以上、給与支給総額を6%以上増加させる計画を策定します。一般型は基本要件として労働生産性の年平均成長率+4.0%以上、1人当たり給与支給総額の年平均成長率3.5%以上、事業所内最低賃金が地域別最低賃金+30円以上の水準であることなどが求められます（従業員21名以上の場合は次世代育成支援対策推進法に基づく行動計画の公表なども要件に加わります）。
出典：カタログ注文型公募要領2-1.（2）基本要件、一般型公募要領（第8回）1-4.補助対象事業、公式ポータル「カタログ注文型とは」（2026年9月10日確認）。
申請手順（GビズID取得から効果報告まで）
詳しい手続きの逐条解説は省力化投資補助金の申請手続き完全マニュアル 、提出書類の一覧は必要書類チェックリスト 、一般型で必須となる事業計画書の書き方は事業計画書の書き方テンプレート にまとめています。ここでは全体の流れだけを押さえます。
STEP1：GビズIDプライムの取得
両制度とも電子申請のためGビズIDプライムアカウントが必要です。GビズID公式サイトのFAQによると、オンライン申請なら最短で即日発行、書類郵送申請の場合は書類到着後に不備がなければ最大1か月以内に作成できるとされています。工場のGMP/QMS対応で日々の業務が立て込んでいる場合でも、この期間を見込んで早めに着手すると安全です。
出典：GビズID公式サイト よくある質問（2026年9月10日確認）。
申請から効果報告までの流れ
カタログ注文型・一般型で用語は異なりますが、大まかな流れは共通しています。
GビズIDプライムを取得する 設備を選定する （カタログ注文型：カタログから製品を選び販売事業者に連絡／一般型：SIer等と事業計画・機械装置を検討）事業計画を策定し応募・交付申請する （カタログ注文型は販売事業者との共同申請、一般型は応募申請後に採択、その後に相見積もりを取って交付申請）交付決定通知を受け取る （決定前の発注・購入は補助対象外）補助事業を実施する （設備を発注・導入）実績報告を提出する （支払いに係る証憑、導入実績に係る証憑、事業計画の達成状況）補助金の交付を受ける （確定検査の後に請求）毎年度、事業実施効果報告を提出する （省力化製品の稼働状況、労働生産性・賃上げの実績）
出典：公式ポータル「申請・手続きの流れ（カタログ注文型）」「応募申請・交付申請の流れ（一般型）」（2026年9月10日確認）。
事業実施期間・報告期限の比較
項目 カタログ注文型 一般型（第8回公募要領）
補助事業実施期間 交付決定日から原則12か月以内 交付決定日から17か月以内（採択発表日から19か月以内） 実績報告 補助事業実施期間内に提出 完了後30日経過日または事業完了期限日のいずれか早い日までに提出 効果報告期間 3年間（3回目の効果報告まで） 事業計画期間の1年目終了後、最初の4月から5年間 実地検査 効果報告期間が終了するまでの間に1回以上 中小機構・事務局のほか会計検査院の実地検査が入ることがある
出典：カタログ注文型公募要領2-1.（6）効果報告期間・3-1、一般型公募要領（第8回）2-1.④・応募申請・交付申請の流れ（2026年9月10日確認）。
併用できる他制度
公募要領には「国（独立行政法人等を含む）の補助金と補助対象経費が重複する事業は補助対象となりません」と明記されています。同じ設備・同じ経費に対して中小企業省力化投資補助金と他の国の補助金（ものづくり補助金など）を二重に使うことはできません。一方で、経費が重複しなければ、たとえば検査設備は省力化投資補助金、別の生産設備はものづくり補助金というように、設備ごとに異なる補助金を検討する余地はあります。実際に自社のケースで併用できるかどうかは、申請時に提出する「他の助成制度の利用実績確認書」の記載内容も踏まえ、認定支援機関や事務局に個別に確認してください。
申請代行を名乗る業者とのトラブルも報告されています。公募要領は「事業計画は申請者自身で作成」することを求めており、過大な成功報酬を請求する支援業者への依頼はトラブルの原因になるとも注記されています。業者選びに不安がある場合は省力化補助金は怪しい？詐欺的業者の見分け方 もあわせて確認してください。
申請前チェックリスト
自社の資本金・常勤従業員数が「製造業」区分の中小企業者要件（資本金3億円以下または従業員300人以下）を満たしているか確認した
導入したい設備が製品カタログに実際に登録されているか、公式ポータルの製品カタログ検索で確認した（PTP包装機・打錠機等は現時点で未掲載）
カタログに無い個別設計の設備であれば、一般型のオーダーメイド設備要件（SIer連携・専用設計）に該当するか確認した
GビズIDプライムの取得に着手した（オンライン最短即日、書類郵送は最大1か月）
交付決定前に発注・購入していない（発注は必ず交付決定通知の受領後）
労働生産性・賃上げの目標（カタログ型：CAGR3.0%以上、一般型：+4.0%以上など）を事業計画に落とし込める見込みが立っている
GMP省令・QMS省令上の製造管理・品質管理体制と導入設備の運用が矛盾しないか、自社の品質保証部門で確認した
同一経費で他の国の補助金と重複していないか確認した
出典・参考情報
最終更新日: 2026年9月10日。補助率・補助上限額・公募スケジュールは制度改定や公募回の進行により変更される場合があります。必ず公式ポータル・最新の公募要領で確認してください。本記事のモデルケースはあくまで試算例であり、採択や補助額を保証するものではありません。
